在具體制度安排上，“滬港通”與QFII、QDII又存在以下主要區別：

1、業務載體不同。“滬港通”是以兩地交易所為載體，互相建立起市場連接，并對訂單進行路由，從而實現投資者跨市場投資。QFII等是以資產管理公司為載體，通過向投資者發行金融產品吸收資金以進行投資。

2、投資方向不同。“滬港通”包含兩個投資方向，分別是香港和內地投資者投資上交所市場、聯交所市場的“滬股通”及“港股通”（即“滬港通下的港股通”）。QFII等則都是單向的投資方式。

3、交易貨幣不同。“滬港通”投資者以人民幣作為交易貨幣，投資者須以人民幣進行投資，但有關監管機構對“滬港通”交收貨幣另有規定的，從其規定。QFII的投資者以美元等外幣進行投資。

4、跨境資金管理方式不同。“滬港通”對資金實施閉合路徑管理，賣出股票獲得的資金必須沿原路徑返回，不能留存在當地市場。QFII等買賣證券的資金可以留存在當地市場。

這樣看，“滬港通”與QFII、QDII存在一定差異，且不會對后者等現行制度的正常運行造成影響，反而可以更好地實現優勢互補，為投資者跨境投資提供更加靈活的選擇，在促進我國資本市場雙向開放方面發揮積極的作用。